新会長が決定するまでの期間は、暫定的な理事会がクラブを運営することとなった。 またダイジェストのナレーションの大半は角澤→進藤→寺川が担当しているが、日曜開催試合でなおかつ西日本のホームチーム主催の試合は角澤→進藤→寺川ではなく、事前に収録した地元系列局（朝日放送テレビなど）のアナウンサーによるナレーション音源を使用する。補強面では、鹿島から中村幸聖を、FC東京から星大輔、松田正俊を、C大阪から川崎健太郎、羽地登志晃、越智隼人を、G大阪から阿江孝一を、札幌から古川毅を、大宮から伊東真吾を完全移籍で、ブラジルのマルトロンからニヴァウドをレンタル移籍で獲得した。 カルサFCに、小田島隆幸が群馬県1部の草津に、斉藤誠一が佐川印刷に完全移籍し、佐藤淳志が退団した。補強面では、大宮から大塚真司を、川崎Fから林晃平を完全移籍で獲得。
新人では、帝京高から大瀧直也が加入した。昨シーズンにJ2得点ランキング2位となった大島秀夫が横浜FMに、星大輔、松田正俊が京都に、中村幸聖が新潟に、井上雄幾が甲府に、大瀧直也が東北1部の盛岡に完全移籍し、宮沢克行、梅田直哉、迫井深也がレンタル元に復帰。 シーズン途中には、新潟から宮沢克行を、浦和から梅田直哉をレンタル移籍で獲得した。補強面では、湘南から酒井良、貞富信宏を、浦和から小島徹を、市原から井上雄幾を完全移籍で獲得した。佐藤悠介がC大阪に、鈴木健太郎が東京Vに、吉見一星が佐川印刷に、佐賀一平、酒井良、貞富信宏が九州の沖縄かりゆしFCに、西脇良平、大野貴史、松田英樹が東海1部の静岡FCに完全移籍し、小島徹が退団した。
古川毅、越智隼人が退団した。 また、ブラジルのオリンピアFC）からアレッシャンドレをレンタル移籍で獲得したが、シーズン途中で退団している。 また、渡辺卓が現役を退いてユースチームの監督に就任した。 また、勝点105をマークするなど、圧倒的な強さでJ2を制した川崎Fに対して2勝1分1敗と、当時J2に所属していたチームの中で唯一勝ち越した。暫定2位の山形は川崎Fに対し、90分以内で勝利することが出来れば2位が確定していたが、試合は0-0のまま90分間が終了し、Vゴール方式の延長戦に突入した為、暫定3位である仙台の対戦経過次第となった。 サッカー かっこいい ユニフォーム この結果、仙台の2位が確定した為、山形はJ1昇格を逃した。 リーグ戦については、非常に高い守備力を誇り、第36節終了時点で失点数が34点と、京都の33点に次いで2番目に少ない記録だった反面、得点力不足が影響して勝ち切れずに引き分ける試合が多かったことから、自動昇格圏内の京都と福岡に追い付くことが出来ずに3位〜4位を推移した。 リーグ戦については、第11節終了時点で5勝5分1敗の2位につけるなど幸先の良いスタートを切ったものの、主力選手の怪我などが響いて停滞し、第30節終了時に6位まで順位を下げた。
しかし上位進出を目指して、シーズン途中に宮沢らを獲得した結果、第29節から7勝2分と快進撃を見せ3位まで再浮上した。 シーズン途中には、ドイツ3部のSVヴァッカー・ シーズン途中には、柏から清水健太を、大分から小森田友明をレンタル移籍で獲得し、山形大の塩沢勝吾を特別指定選手として追加登録した。浮氣哲郎、西山哲平が大分に、高橋厳一、笠原信がJFLのジヤトコに、吉田達磨がシンガポールのジュロンFC（英語版）に、佐藤太一がシンガポールのクレメンティ・